El uso preferente del Área Ecológica Significativa es el de preservación ambiental y usos complementarios, admitiéndose como compatibles el desarrollo de actividades de investigación y enseñanza.
Previo estudio de Impacto ambiental, podrán autorizarse también aquellas actividades que tiendan a promover adecuaciones naturísticas y recreativas así como la realización de obras encaminadas a potenciar los valores paisajísticos protegidos y las obras públicas de infraestructura.
Se prohíbe en esta área la instalación de cualquier actividad constructiva o transformadora del medio. Se entenderán incluidas en esta prohibición las siguientes actividades y usos: actividades extractivas, viviendas de cualquier tipo, instalaciones o edificaciones de utilidad pública o interés social, movimientos de tierra (excepto los imprescindibles para los asentamientos ganaderos o forestales, si los hubiera).
En cada caso se determinarán las condiciones particulares de ocupación del suelo.

Bañados de Santa Lucía.
No se permiten edificaciones de ningún tipo, a excepción de las estrictamente necesarias para el desarrollo de las actividades correspondientes al uso preferente.
Uso del suelo.
El uso preferente es el de protección ambiental, complementarios y compatibles.
Se consideran compatibles los usos educativos, turísticos y recreativos que potencien los valores del ecosistema natural y del paisaje protegido. Cualquier actividad para que sea compatible con el uso preferente deberá ajustarse a la categoría "A" de los parámetros biofísicos, poseer baja dinámica vehicular y baja interferencia con el entorno inmediato. En todos los casos se requerirá la aprobación de Estudio de Impacto Ambiental en el que se definirán las condiciones particulares de la actividad.

Arroyo Pantanoso.
Uso preferente: El ambiental. Se desestimulará la explotación comercial forestal de especies exóticas.

Bañados de Carrasco.
Uso preferente: El ambiental. Se desestimulará la explotación comercial forestal de especies exóticas.