A la Unidad Central de Auditoría Interna compete:
1-Evaluar el funcionamiento de la organización, de sus sistemas operativos y de la adecuada utilización de sus recursos.
2-Mantener al Intendente y a los Directores Generales de Departamento informados de cuantas desviaciones significativas se detecten proponiendo las acciones correctivas pertinentes.
3-Evaluar el cumplimiento por las dependencias de la Administración de sus recomendaciones y sugerencias formuladas en el ámbito de su competencia.
4-Controlar la fiabilidad e integridad de la información financiera y operativa y de los criterios utilizados para medirla y clasificarla.
5-Revisar los sistemas establecidos para asegurar que cumpla con aquellas políticas, planes, procedimientos, leyes y regulaciones, que puedan tener impacto significativo en las operaciones e informes, y evaluar el grado de cumplimiento de la organización.
6-Revisar las medidas de salvaguarda de activos y verificar la existencia de los mismos.
7-Valorar la eficiencia y eficacia con que se emplean los recursos financieros, humanos y materiales.
8-Revisar las operaciones y programas para asegurar que los resultados son acordes con los objetivos y las metas trazadas, y que se han llevado a cabo con los recursos y plazos previstos.
9-Proponer la mejora de los sistemas de información.
10- Realizar los estudios especiales que el Intendente le encargue por su conocimiento global de la Administración, en los distintos Departamentos, Divisiones, Servicios o Unidades.
Por Res.IMM Nº 4845/08 de 10/11/2008 se aprobó el "Estatuto de Auditoría Interna" de la Unidad Central de Auditoría Interna.